Te ścieżki dokładnie odzwierciedlają swoje nazwy. Wybory dogmatyczne odzwierciedlają fanatyzm, podczas gdy wybory heretyckie manifestują wyraźny bunt. Decyzje ikonoklastów często pokrywają się z heretyckimi, ale zazwyczaj wynikają z bardziej bezinteresownych motywacji, odbiegających od norm. To właśnie tą drogą często podąża postać, buntując się przeciwko konwencjom z altruistycznych pobudek.



System przypomina dynamiką Paragon i Renegade z Mass Effect, gdzie istnieją podobne konsekwencje za przyjęcie jednej z ideologii. Po dokładnym zbadaniu wszystkich opcji, nie ma motywacji, aby odejść od jednej z linii moralnych. Ryzyko zbyt dalekiego oddalenia się od jednej z tych ideologii może skutkować wyborami końcowymi, które oferują niewielkie korzyści. Konceptualne powiązanie moralności z rozgrywką jest ciekawe, ale w praktyce może być ograniczające i zmechanizowane.

Podobnie jak w poprzednich grach studia Owlcat, Warhammer 40,000: Rogue Trader wykorzystuje system walki turowej, w którym wszyscy uczestnicy korzystają z punktów ruchu i akcji. Zarządzanie pulą zasobów między możliwością przemieszczenia się a atakiem staje się coraz bardziej skomplikowane w miarę postępu gry, gdyż początkowo dozwolony jest tylko jeden atak, który z czasem staje się bardziej elastyczny.



Liczba ataków różni się w zależności od archetypu postaci i odpowiedników klasowych Nieuczciwego Handlarza. Mimo że jest ich tylko kilka, pochodzenie postaci oraz różnice w umiejętnościach w obrębie archetypu zapewniają znaczną elastyczność. Te ewolucje sprawiają, że postacie wyróżniają się, nawet jeśli dzielą pewne początkowe cechy. Przykładowo, Łotr Jae i nawigatorka statku próżniowego Cassia mogą rozpocząć grę jako oficerowie wydający rozkazy innym, ale z biegiem czasu jeden z nich może przekształcić się w dowódcę pierwszej linii, podczas gdy drugi pozostaje z tyłu, koncentrując się na wsparciu i wzmocnieniach.

Chociaż przypomina gry z serii Pathfinder firmy Owlcat, Rogue Trader znacząco rozwija te koncepcje, szczególnie w zakresie taktyki i pozycjonowania w walce. Konieczne jest staranne wybieranie strategicznych pozycji, korzystanie z osłon i wykorzystywanie broni o zróżnicowanym zasięgu. Przykładem tego jest Operator, snajper, który staje się coraz mniej skuteczny w miarę zbliżania się wrogów.



Jedyną prawdziwą przeszkodą, szczególnie na początku gry, były walki kosmiczne, ponieważ statek gracza zazwyczaj jest dość słaby. Jednak wraz z postępem w grze ta dynamika się zmienia. Niektóre bitwy na lądzie nadal są ekscytujące i dynamiczne, ale walki z bossami stają się coraz bardziej wymagające. Chociaż rzadko dochodziło do więcej niż jednej śmierci w walce, kilku bossów okazało się wyjątkowo trudnych do pokonania.

Warhammer 40,000: Rogue Trader po półroczu